O Καθηγητής Απόστολος Νικολαΐδης γεννήθηκε στο Βασιλικό Ιωαννίνων.
Τις βασικές του σπουδές περάτωσε στην Πωγωνιανή Ιωαννίνων. Σπούδασε Θεολογία στα Πανεπιστήμια Αθηνών και Βόννης της Γερμανίας.
Μεταπτυχιακές σπουδές στο συστηματικό κλάδο της Θεολογίας (Ηθική και Κοινωνιολογία της θρησκείας, Πολιτική Θεολογία) πραγματοποίησε στη Βόννη και στο Μπόχουμ της Γερμανίας.

Το 1979 διορίστηκε Καθηγητής στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση όπου υπηρέτησε μέχρι το 1997.
Το 1993 αναγορεύτηκε διδάκτορας στο Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών με θέμα «Η νέα ανθρωπολογία της θρησκείας στη Φιλοσοφία του Ernst Bloch» και με βαθμό «άριστα».
Από τo 1993 μέχρι το 1997 υπηρέτησε ως επιστημονικός συνεργάτης στον Τομέα Θρησκειολογίας, Φιλοσοφίας και Κοινωνιολογίας του ιδίου Τμήματος με απόσπαση από τη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση. Το 1997 εξελέγη στο ίδιο Τμήμα και στον ίδιο Τομέα Επίκουρος Καθηγητής με γνωστικό αντικείμενο «Κοινωνιολογία της θρησκείας».

Αναπληρωτής Καθηγητής με το ίδιο αντικείμενο εξελέγη το 2001. Τη βαθμίδα του Πρωτοβάθμιου Καθηγητή και με γνωστικό αντικείμενο «Κοινωνιολογία της θρησκείας και Κοινωνική Ηθική» κατέλαβε το 2005.

Διετέλεσε α) συγκλητικός για το ακαδ. Έτος 1997-1998 και τη διετία 2009-2011. β) Διευθυντής δύο Τομέων για τρία ακαδ. έτη. γ) Πρόεδρος του Τμήματος Κοινωνικής Θεολογίας του ΕΚΠΑ για τη διετία 2009-2011. Διατέλεσε α) Αναπληρωτής Πρόεδρος του Τμήματος για τη διετία 2011-13 και τη διετία 2013-2015. β) Πρόεδρος του Εποπτικού Συμβουλίου της Δευτεροβάθμιας Εκκλησιαστικής Εκπαίδευσης στο ΥΠΔΜΘ για το χρονικό διάστημα 2009-2013, γ) μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Φοιτητικής Εστίας ΕΚΠΑ(2011-2014).

Στη διετία 2008-2010 εκπροσώπησε το Τμήμα στην Επιτροπή Ερευνών του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Στο Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας διδάσκει τα μαθήματα: Χριστιανική και Κοινωνική Ηθική, Βιοηθική, Κοινωνιολογία της θρησκείας, Κοινωνιολογία του Χριστιανισμού, Φιλοσοφία της θρησκείας, Κοινωνιολογία και Οικουμενική Κίνηση.

Από το 1997 μέχρι σήμερα διδάσκει ανελλιπώς στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα του Τομέα που φέρει τον τίτλο «Θρησκειολογία». Επέβλεψε διδακτορικές διατριβές και Εργασίες εξειδίκευσης (μάστερ), ενώ συνεχίζει να είναι μέλος πολλών τριμελών συμβουλευτικών επιτροπών για την εκπόνηση μάστερ και διδακτορικών διατριβών.

Δίδαξε για τρία χρόνια στο διασχολικό ΠΜΣ με τίτλο «Θρησκεία και φύλο» το μάθημα «Ηθική και φύλο», ενώ συμμετέσχε κατά το ακαδ. έτος 2009-2010 με διάλεξη και στο ΠΜΣ Βιολογίας του ΕΚΠΑ σχετικά με τη σχέση Βιοηθικής και Χριστιανικής Βιοηθικής.

Εκτός του Πανεπιστημίου Αθηνών δίδαξε επίσης
— Στην Ανωτέρα Εκκλησιαστική Σχολή Αθηνών για δεκαπέντε χρόνια (1990-2005) τα μαθήματα Δογματική, Συμβολική και Φιλοσοφία.
— Στις Σχολές Γονέων του Κέντρου Ψυχικής Υγιεινής για είκοσι πέντε χρόνια (1990-2015).
— Στο Λαϊκό Πανεπιστήμιο της Εταιρείας των Φίλων του Λαού για δεκαοκτώ έτη (εξαμηνιαία σεμινάρια, 1997-2015).
— Στην Ανώτατη Σχολή Αξιωματικών της Αστυνομίας για ένα έτος.
— Στα ΠΕΚ Δυτικής Αττικής για ένα έτος.
— Στη Σχολή Ναυτικού Πολέμου για τέσσερα χρόνια.
— Στη Σχολή Εθνικής Ασφαλείας για δεκαοκτώ έτη (1997-2015).

Έλαβε ενεργό μέρος σε πολλά διεθνή και εγχώρια Επιστημονικά Συνέδρια.
Από το 2006 συμμετέχει στην οργάνωση και προεδρεύει στο ετήσιο παιδαγωγικό Συνέδριο του Τομέα Επιστημόνων του Συλλόγου «Μ. Βασίλειος», που λαμβάνει χώρα στην Αθήνα και σε άλλες πόλεις της Ελλάδος. Έδωσε και δίνει διαλέξεις σε πολλά μέρη της χώρας μας και στο Εξωτερικό.
Διατελεί μέλος τριών Συνοδικών Επιτροπών, που ασχολούνται με προβλήματα της Οικογένειας, του Περιβάλλοντος και της Βιοηθικής, καθώς και μέλος Διοικητικών Συμβουλίων άλλων Κοινωφελών Ιδρυμάτων.
Στο χρονικό διάστημα 1988-1993 διετέλεσε παραγωγός ραδιοφωνικών εκπομπών για θέματα Οικολογίας.
Από το Σεπτέμβριο του 2009 ως τον Αύγουστο του 2010 ήταν παραγωγός της ωριαίας ζωντανής εκπομπής με θέμα τις Διαπροσωπικές Σχέσεις- Παίγνια εξουσίας στον ίδιο ραδιοσταθμό.